肉驴肠道是指胃部以下至肛门这一段消化道为肠，总长度约20多米。可分为小肠、大肠。小肠细而长，直径4-5cm，由十二指肠、空肠、回肠3段组成。有分泌消化液促进消化吸收的功能。大肠粗而短，直径20多厘米，粗细很不均匀，有的地方粗细可相差10倍。由盲肠、大结肠和直肠组成。肉驴饲料的消化吸收主要在肠道进行。肉驴的盲肠很大，其功能与反刍动物的瘤胃相似。其中含有大量的微生物，便于分解粗纤维。食糜中易消化物质被小肠吸收，未被消化的物质，特别是纤维素进入大肠。盲肠上与回肠相连的回盲口，下与结肠相通的盲结口均很细，即使从小肠来的食糜和饮水，在其中混合、停留，由盲肠中的大量微生物进一步分解。肉驴的大结肠位于盲肠和小结肠间，直径30cm左右，容量约50l。其中含有的细菌也可分解纤维素。食糜经盲肠和大肠消化吸收后，剩余残渣形成粪便排出体外。
肉驴每天吃进的大量粗饲料，主要在大肠内由微生物分解，成为可吸收的营养物质，但肉驴盲肠的微生物作用远不如牛瘤胃，被微生物合成的养分吸收率也比牛低。肉驴肠道直径的大小极不均匀，如盲肠和大结肠的内径相当粗大，可达30cm；但小肠、小结肠内径却只有4-5cm，尤其是在一些肠道入口处，如回盲口和盲结口更细，在喂养失宜和饲料骤变以及气候突然变化的情况下，容易产生肠道梗塞，发生便秘症。因此应该正确调制草料，供给充足饮水以及消化道疾病的发生。
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